iOS上で動作するサービスを作成しようと思った時、下記のような選択肢があるかと思います。

ネイティブアプリ（Objective-C で作るようなもの）
ブラウザアプリ（HTML / JavaScript で作るようなもの）

それ以外にも、それらを組み合わせた

ハイブリッドアプリ（Objective-C で作った中に、HTML / JavaScriptで作った画面を入れるようなもの）

もありますね。

今回、ブラウザアプリ（Webアプリ？）を作った際に、ネイティブだったら出来るのに、と思ったことを中心にまとめてみます。（Androidでも、大体同じことが言えるかもしれません）

PUSH通知

ユーザの呼び戻しには、PUSH通知が有効化と思いますが、ブラウザアプリでは実現できない。

メールアドレスを取得し、それを利用する
SNSを活用する

あたりで、うまくユーザを呼び戻す必要がある。

クリップボードの利用

PCブラウザでは、「クリップボードにコピーする」ボタンを見たことがあるかと。
これは Flash を利用しており、iOSでは動作しない。
input タグを用意しておき、そこをタップした時に、全選択→iOS標準の「コピー」が表示されるという風にする、というのが妥協案かと。

消えない（消せない）情報を保存する

ネイティブアプリなら、KeyChain が使える。これに入れておけば、アンインストールしても消えない。（はず
ブラウザアプリの場合、データの保存場所としては、Cookie, localstorage などがあるが、「Cookieとデータを消去」で簡単に消せる。
消されて困る情報は、サーバに保存することになるが、その情報と付き合わせるために、ユーザ認証が必要になる。

特定の環境下で動作させる（Safariだけで動作させる）

ブラウザアプリの場合、Safari 以外で動作する可能性がある。
例えば、Chrome, Operaといったブラウザアプリ、Facebook, TwitterといったSNSアプリなど。
そのへんを、User Agent である程度判定できるが、その後の操作はユーザ任せになる。
そもそも、アプリ側で提供されていないと、Safariで表示させることは不可能になる。

受託の場合は、どこまで対応するか・どのように対応するかなどを、最初に決めておかないともめるかも。

フルスクリーン表示

可視領域を広げる、没入感を与えるといった効果がある、フルスクリーン表示ですが、ユーザに強制することは出来ない。
meta タグなどを利用し、「ホーム画面に追加」を行ってもらい、そこから起動してもらえば、可能。
http://mawatari.jp/archives/web-apps-like-native-apps

アプリがインストールされているかを確認（2013/12/3 追加）

アプリがインストールされていたら、アプリ起動ボタンを表示し、
アプリがインストールされていなかったら、アプリダウンロードボタンを表示する。
みたいなことは出来ない。

http://havelog.ayumusato.com/develop/javascript/e564-url-scheme-fallback.html こちらにあるように、URLスキームで起動してみて、画面が切り替わって無ければ、ストアへ飛ばす。という動きなら出来る模様。
ただし、見た目はあんまり綺麗には出来ないみたい。（標準のアラートが出てしまったり

Webとネイティブを提供していて、ネイティブも紹介したいだけなら、App Bannerを使えばいいと思います。 https://developer.apple.com/library/ios/documentation/AppleApplications/Reference/SafariWebContent/PromotingAppswithAppBanners/PromotingAppswithAppBanners.html